Las marcas de registro siempre se imprimen en todos los colores, no importa el tipo de color que sea. Eso se hace en el menu Imprimir / Preimpresion (es decir, lo hacen en la imprenta, al imprimir) y tambien puedes colocarlas en la Presentacion preliminar
Si lo que deseas es crear unas marcas de registro personalizadas y colocarlas manualmente, lo que debs hacer es usar el color "Registro", en la ventana de color de contorno (shift+F12) desplega el modo de color y en lugar de CMYK, elige "color de registro". Ese color, de un negro intenso, saldrá en todas las separaciones, sean las que sean.
Otra opcion es bajar una macro que crea marcas de corte y de registro automaticamente en los objetos seleccionados:
http://oberonplace.com/vba/drawmacros/cropmarksh.htm pero no creo que sea necesario tanto
