A la derecha del programa verás la Paleta de colores predeterminada con la que puedes rellenar cualquier forma. Simplemente selecciona tu circulo y elije uno de los colores. Selecciona el otro y si es que tiene algún relleno, eliminalo usando el primer recuadro de la paleta con la X. Recuerda que si uno de tus objetos es transparente (sin relleno) y está encima del otro, se verá el color de objeto que está al fondo, por eso sería mejor que le des a ambos un relleno.
Si presionas uno de los colores de la paleta con el botón derecho del ratón, le darás ese color, ya no al relleno si no al contorno del objeto.
Para que conozcas un poco más del programa
ESTE CURSO GRATUITO te puede ayudar bastante.