Cuando ya tengo el trabajo preparado para imprenta, me gusta poner a mi las rayas de corte del papel, hasta ahora trabajaba con CMYK y no tenía problemas, el problema me surge cuando trabajo con pantones, como puedo hacer un trazado y que tenga por ejemplo color negro y pantone Orange 021?

No te entiendo, te refieres a un trayecto que tenga color negro de relleno y pantone orange de Contorno??

A las marcas de corte y registro, se le asigna el color "Registracion", asi te sale en todas las placas. Abre el Docker Color y busca en la lista Registration Color.

para las marcas de Registro, hay un color que se llama, precisamente "Registro", y que sale en todas las separaciones, sea CMYK o Pantone

Gracias, esto ya lo tengo resuelto.