¿Cómo debo manejar el color de las guías de corte o de registro para un arte final cuyos colores son manejados por pantone?

Hola nieto, te respondo en 3 puntos:

1.- Si eres el diseñador, por lo tanto, el creador del arte final, no hace falta que ni metas marcas de corte ni de registro, eso lo hace el preimpresor a su gusto. Todos los preimpresores entienden que el corte del trabajo (tamaño final) es el tamaño del documento. Un arte final, no debería de ir con marcas de corte, excepto que te lo pida tu imprenta o quieras dejar bien claro para evitar posibles errores.

2.- Partiendo del punto uno, las marcas de corte y marcas de registro se crean automaticamente al enviar a imprimir o al crear un pdf

3.- Si así a todo quieres poner marcas, sea para cuatricromía o para un trabajo con pantes es siempre COLOR REGISTRO.

El color registro lo encuentras en "May+F11", en la pestaña de "modelos", despliegas "modelos" y alli encontrarás "color de registro".

La respuesta de Moiré es perfecta, solo agregaría que si deseas hacer las marcas manualmente no se te ocurra hacer una linea a mano, mover, duplicar, etc. para eso existen macros para generar las marcas de corte, como CropMarks o Tiler, segun necesites para un objeto en particular o para multiplicar muchos en la hoja