La separacion existe porque de a los pasos que relatas es real. Al usar relleno inteligente en dos sectores separados por una linea, ambos quedan separados por el espacio que ocupaba la línea.
La forma correcta de hacerlo sería en la barra de propiedades, seleccionar un lado, reducir al 50% sin que sea proporcional, y luego hacer un espejo con duplicado hacia la derecha o izquierda, segun prefieras. De ese modo será exacto y la union será perfecta
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